Notes on CFDEM syntax
写个Note是最好的学习方式了
BTW：这种input的方法倒是看起来简洁了，但是非常的不好用，尤其不好入门，又不好检查错误。说实话，这个破语法我感觉学完都不想用了，考虑写个脚本来给他生成算了。。垃圾Syntax,就像在用超级无敌老的电脑，要节约存储空间，所以每一行多写点东西。
现在存储这么便宜，每行写少一点，用个括号括起来指明范围，东西写清楚点别用简称让人一眼就看明白 不好么？非要搞这个乱七八糟的script语法。
DEM方法本来就非常费计算资源，现在内存这么便宜，多用点内存来提高速度多好？
Case 1: 料斗流动
### Bin Flow Simulation
### This simulation involves inserting a set of particles into a cylindrical hopper,
### allowing them to settle under gravity, and then suddenly opening a stopper at the
### bottom of the hopper and allowing the particles to pour out. We track the
### flowrate of material from the hopper by tracking how many particles remain in the
### system as a function of time.
### Initialization
# Preliminaries， 预设置
units si
atom_style sphere
###atom_style 定义atom的类型，atom_style style args, 可以有sphere, bond, hybrid sphere bond
atom_modify map array
### 修改选择atom类型？ map, first, sort;
###map 可选的方式有hash, array；array 每个线程都储存所有颗粒，比hash稍快
###然后sort 给value，每N个时间不长给排序一下。系统混乱的时间，对流体会更有效一些
### first也给某种类型，如colloid （乱七八糟好乱，以后再说）
boundary f f f
### f固定边界，m 移动边界
newton off
communicate single vel yes
### 线程间通信，single 单向，vel 速度，
#processors 2 2 3
# Declare domain
region domain block -0.138 0.138 -0.138 0.138 -0.0045 0.43 units box
create_box 2 domain
###声明计算域，create_box 声明在这个区域内使用的atom种类
# Neighbor listing
neighbor 0.003 bin
neigh_modify every 1 check no
### Setup
###fix用来设置参数，fix （新建）名字 组名字 建的东西（style?） 名字 数值啥的 （后面可以跟一大堆参数）
# Material and interaction properties required
fix m1 all property/global youngsModulus peratomtype 2.5e7 2.5e7
fix m2 all property/global poissonsRatio peratomtype 0.25 0.25
fix m3 all property/global coefficientRestitution peratomtypepair 2 0.5 0.5 0.5 0.5
fix m4 all property/global coefficientFriction peratomtypepair 2 0.2 0.175 0.175
0.5
# Particle insertion
fix pts all particletemplate/sphere 1 atom_type 1 density constant 1000 &
radius constant 0.0015
###为下面的命令 "particledistribution/discrete" 定义颗粒的类型，密度，半径
fix pdd all particledistribution/discrete 63243 1 pts 1.0
####为 fix insert/stream, fix insert/pack, fix insert/rate/region 和相关命令定义颗粒分布.
####第一个奇怪的数字"63243"是一个seed, (random number generator seed)需大于10000；第二个数字是ntemp，使用的模板数目（应该和上面定义的模板有关系）
####pts是上面一行 "particletemplate/sphere" 所定义的颗粒名字，数字是权重
region factory cylinder z 0 0 0.10 0.4 0.41 units box
####region ID style args keyword arg ...定义空间区域 “cylinder args = dim c1 c2 radius lo hi” dim延展方向？c1 c2 为另外俩个方向的坐标，然后半径，lo 和hi为在dim方向的范围，units box是啥？反正units 默认就是box，为啥要写？ keyword = side or units or move or rotate
fix ins all insert/rate/region seed 123481 distributiontemplate pdd &
nparticles 150000 particlerate 150000 insert_every 1000 &
overlapcheck yes vel constant 0. 0. -1.0 region factory ntry_mc 10000
###每次都要新定义一个ID是什么鬼？ 跟在insert/rate/region 后面的第一个又是必须的seed, 然后给个随意的数字；distributiontemplate 也是必须的关键字，使用 “dist-ID = ID of a fix_particledistribution_discrete to be used for particle insertion” 定义的ID，然而如果一定是要使用这个ID，是不是就可以不写了？后面跟着keywords了，1个或者多个，
# Import mesh from cad:
fix cad1 all mesh/surface file hopper.stl type 2 scale 0.001
####用file定义输入的文件，type定义是哪个类型，scale，算了太明显了，还有一堆关键字
# Use the imported mesh as granular wall
fix geometry all wall/gran/hertz/history mesh n_meshes 1 meshes cad1
####这个就更不合理了，wall/gran 是一个style，然后hertz 是一个model value，这难道是早期的代码？
# Create stopper for funnel 从漏斗创建一个停止的板子吧，字面意思
fix stopper all wall/gran/hertz/history primitive type 2 zplane 0.0
# Define the physics
pair_style gran/hertz/history
pair_coeff * *
###“pair_style style args” example"pair_style gran model hertz tangential history" 所以这个真的是早期代码
###“pair_coeff I J args” 所以你给俩个星星是干啥？
### Detailed settings
# Integrator
fix integrate all nve/sphere
# Gravity
fix grav all gravity 9.81 vector 0.0 0.0 -1.0
# Time step
timestep 0.00001
# Thermodynamic output settings
thermo_style custom step atoms ke cpu
thermo 10000 ##数字是输出时间步长间隔
thermo_modify norm no lost ignore
# Check time step and initialize dump file
fix ctg all check/timestep/gran 1 0.01 0.01
run 1
unfix ctg
####检查一下，然后再用unfix删除
# Create imaging information
dump dumpstl all stl 10000 dump*.stl
dump dmp all custom 10000 dump.1 id type type x y z ix iy iz vx vy vz &
fx fy fz omegax omegay omegaz radius
### "dump ID group-ID style N file args" N是时间步长数
### Execution and further settings
# Fill the hopper
run 150000 upto
# Pull the stopper
unfix stopper
run 300000
BTW：这种input的方法倒是看起来简洁了，但是非常的不好用，尤其不好入门，又不好检查错误。说实话，这个破语法我感觉学完都不想用了，考虑写个脚本来给他生成算了。。垃圾Syntax,就像在用超级无敌老的电脑，要节约存储空间，所以每一行多写点东西。
现在存储这么便宜，每行写少一点，用个括号括起来指明范围，东西写清楚点别用简称让人一眼就看明白 不好么？非要搞这个乱七八糟的script语法。
DEM方法本来就非常费计算资源，现在内存这么便宜，多用点内存来提高速度多好？
Case 1: 料斗流动
### Bin Flow Simulation
### This simulation involves inserting a set of particles into a cylindrical hopper,
### allowing them to settle under gravity, and then suddenly opening a stopper at the
### bottom of the hopper and allowing the particles to pour out. We track the
### flowrate of material from the hopper by tracking how many particles remain in the
### system as a function of time.
### Initialization
# Preliminaries， 预设置
units si
atom_style sphere
###atom_style 定义atom的类型，atom_style style args, 可以有sphere, bond, hybrid sphere bond
atom_modify map array
### 修改选择atom类型？ map, first, sort;
###map 可选的方式有hash, array；array 每个线程都储存所有颗粒，比hash稍快
###然后sort 给value，每N个时间不长给排序一下。系统混乱的时间，对流体会更有效一些
### first也给某种类型，如colloid （乱七八糟好乱，以后再说）
boundary f f f
### f固定边界，m 移动边界
newton off
communicate single vel yes
### 线程间通信，single 单向，vel 速度，
#processors 2 2 3
# Declare domain
region domain block -0.138 0.138 -0.138 0.138 -0.0045 0.43 units box
create_box 2 domain
###声明计算域，create_box 声明在这个区域内使用的atom种类
# Neighbor listing
neighbor 0.003 bin
neigh_modify every 1 check no
### Setup
###fix用来设置参数，fix （新建）名字 组名字 建的东西（style?） 名字 数值啥的 （后面可以跟一大堆参数）
# Material and interaction properties required
fix m1 all property/global youngsModulus peratomtype 2.5e7 2.5e7
fix m2 all property/global poissonsRatio peratomtype 0.25 0.25
fix m3 all property/global coefficientRestitution peratomtypepair 2 0.5 0.5 0.5 0.5
fix m4 all property/global coefficientFriction peratomtypepair 2 0.2 0.175 0.175
0.5
# Particle insertion
fix pts all particletemplate/sphere 1 atom_type 1 density constant 1000 &
radius constant 0.0015
###为下面的命令 "particledistribution/discrete" 定义颗粒的类型，密度，半径
fix pdd all particledistribution/discrete 63243 1 pts 1.0
####为 fix insert/stream, fix insert/pack, fix insert/rate/region 和相关命令定义颗粒分布.
####第一个奇怪的数字"63243"是一个seed, (random number generator seed)需大于10000；第二个数字是ntemp，使用的模板数目（应该和上面定义的模板有关系）
####pts是上面一行 "particletemplate/sphere" 所定义的颗粒名字，数字是权重
region factory cylinder z 0 0 0.10 0.4 0.41 units box
####region ID style args keyword arg ...定义空间区域 “cylinder args = dim c1 c2 radius lo hi” dim延展方向？c1 c2 为另外俩个方向的坐标，然后半径，lo 和hi为在dim方向的范围，units box是啥？反正units 默认就是box，为啥要写？ keyword = side or units or move or rotate
fix ins all insert/rate/region seed 123481 distributiontemplate pdd &
nparticles 150000 particlerate 150000 insert_every 1000 &
overlapcheck yes vel constant 0. 0. -1.0 region factory ntry_mc 10000
###每次都要新定义一个ID是什么鬼？ 跟在insert/rate/region 后面的第一个又是必须的seed, 然后给个随意的数字；distributiontemplate 也是必须的关键字，使用 “dist-ID = ID of a fix_particledistribution_discrete to be used for particle insertion” 定义的ID，然而如果一定是要使用这个ID，是不是就可以不写了？后面跟着keywords了，1个或者多个，
# Import mesh from cad:
fix cad1 all mesh/surface file hopper.stl type 2 scale 0.001
####用file定义输入的文件，type定义是哪个类型，scale，算了太明显了，还有一堆关键字
# Use the imported mesh as granular wall
fix geometry all wall/gran/hertz/history mesh n_meshes 1 meshes cad1
####这个就更不合理了，wall/gran 是一个style，然后hertz 是一个model value，这难道是早期的代码？
# Create stopper for funnel 从漏斗创建一个停止的板子吧，字面意思
fix stopper all wall/gran/hertz/history primitive type 2 zplane 0.0
# Define the physics
pair_style gran/hertz/history
pair_coeff * *
###“pair_style style args” example"pair_style gran model hertz tangential history" 所以这个真的是早期代码
###“pair_coeff I J args” 所以你给俩个星星是干啥？
### Detailed settings
# Integrator
fix integrate all nve/sphere
# Gravity
fix grav all gravity 9.81 vector 0.0 0.0 -1.0
# Time step
timestep 0.00001
# Thermodynamic output settings
thermo_style custom step atoms ke cpu
thermo 10000 ##数字是输出时间步长间隔
thermo_modify norm no lost ignore
# Check time step and initialize dump file
fix ctg all check/timestep/gran 1 0.01 0.01
run 1
unfix ctg
####检查一下，然后再用unfix删除
# Create imaging information
dump dumpstl all stl 10000 dump*.stl
dump dmp all custom 10000 dump.1 id type type x y z ix iy iz vx vy vz &
fx fy fz omegax omegay omegaz radius
### "dump ID group-ID style N file args" N是时间步长数
### Execution and further settings
# Fill the hopper
run 150000 upto
# Pull the stopper
unfix stopper
run 300000
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